A patologia cirúrgica é o estudo anatomopatológico de órgãos ou suas partes retirados cirurgicamente (biópsias ou peças cirúrgicas). Tem como objetivo principal fornecer o diagnóstico da lesão, orientando o tratamento e o prognóstico do paciente.

Existem duas modalidades principais de exame - o exame do material incluído em blocos de parafina e a biópsia por congelação.

O exame anatomopatológico mais freqüente é a histopatologia com inclusão em parafina de pequenos fragmentos para confecção de um preparado histológico padrão, corado pela hematoxilina-eosina. O exame histopatológico é precedido da realização de um procedimento cirúrgico, quer pode ser uma biópsia incisional, biópsia excisional e a retirada parcial ou total de um órgão.

A biópsia por congelação é um exame realizado durante o ato cirúrgico, onde o cirurgião retira um pequeno fragmento de tecido que deverá ser analisado e diagnosticado pelo patologista em poucos minutos. Pode ser utilizado para se determinar a natureza de uma lesão - tumor benigno, maligno ou processo inflamatório, ou para se definir se a margem cirúrgica está livre da lesão. O resultado da biópsia de congelação vai determinar a conduta a ser seguida pelo cirurgião.